يعتبر مستشفى جمعية المقاصد الخيرية الإسلامية أحد مؤسسات جمعية المقاصد الخيرية، وتم إنشاؤه في العام 1968 مشتملا على 60 سريرا، فيما استمر المستشفى بالتوسعة إلى أن تم ترخيص 250 سريرا في الوقت الحالي، ليصبح المقاصد المستشفى التحويلي الرئيسي للمجتمع الفلسطيني في القدس والضفة الغربية وقطاع غزة. كما يعتبر المقاصد مستشفى تعليميا يقدم خدمات التدريب والاختصاص والبحث العلمي للأطباء المقيمين، وطلبة كلية الطب بالتعاون مع جامعة القدس.

ويعمل في مستشفى المقاصد أكثر من 900 موظف وموظفة، ويضم مجموعة من التخصصات الطبية النوعية، من ضمنها:

• الأمراض الباطنية وتشمل: أمراض القلب والقسطرة التشخيصية والعلاجية، اأمراض لغدد، الرئة، الكلى، الأعصاب والروماتبزم
• الجراحة العامة والتخصصية بما فيها: جراحة العظام، الدماغ والأعصاب جراحة القلب المفتوح للكبار والصغار وجراحة الأوعية الدموية والجراحة الصدرية
• أمراض النسائية والولادة وطب الجنين وحديثي الولادة
• طب الأطفال بتخصصاته المختلفة: الأمراض الوراثية والأمراض الصدرية والجهاز الهضمي والغدد والأيض والروماتيزم
• قسم الأشعة ويشمل: الرنين المغناطيسي والتصوير المقطعي وتصوير الشرايين والألتراساوند
• الطوارئ والعيادات الخارجية والمختبرات العامة وبنك الدم والتشريح

كما يدير المستشفى عددا من المختبرات المتخصصة وهي:

• الفيزيولوجيا العصبية
• الوراثة ومختبر الوراثة الجزيئية
• الأيض
• النوم