انطلقت جوائز التعاون منذ بداية عام 2003 للتميز والعطاء وذلك إيماناً من المؤسسة بأهمية تقدير وتكريم إنجاز وإبداع الشعب الفلسطيني، وللحفاظ على العراقة والأصالة والجذور وخلق الروح التنافسية المبنية على الإنجاز والتميز. وقد كانت عائلة الشخشير أول من تبنى جائزة الانجاز لمدة تسع سنوات (2007-2015)، وفي العام 2016 تبنت عائلة عبد الهادي الجائزة وسميت باسم المرحوم نعيم عبد الهادي. كما أطلقت التعاون جائزة منير الكالوتي للشباب الريادي وجائزة المرحوم راغب الكالوتي للتنمية المجتمعية في القدس عام 2012، أما جائزة نبيل القدومي للتميز في التعليم وجائزة فلك وعبد الكريم كامل الشوا للمؤسسات المجتمعية في غزة فقد تم اطلاقهما عام 2014. وفي العام 2017 أطلقت التعاون ثلاثة جوائز، هم جائزة التعاون للمعلم المتميز بدعم من السيد منير الكالوتي ومؤسسة هاني القدومي للمنح الدراسية، وجائزة التعاون للتميز بالقطاع الصحي - جائزة الفاضلة "فاطمة أبو غزالة"، وجائزة التعاون للتطبيقات التكنولوجية، المبتكرة لتصل قيمة جوائز التعاون إلى 420,000$ سنوياً.